A 법인은 2002년 경영합리화를 위해 특정사업부문을 분리, 자회사를 설립하면서 관련 부문에서 근무하던 직원들을 전부 자회사 소속으로 옮기려고 했으나 노조 반발로 일부 직원의 경우 법인에 소속을 둔 채 자회사에서 근무하게 했다.
과세관청은 해당 직원들이 법인 소속이고 자회사가 직원들의 급여를 법인 규정에 의해 지급하는 점 등을 감안, 법인에 부가가치세를 부과했다.
이에 대해 심판원은 “영리를 목적으로 사용사업주에게 인력을 파견해 근로를 제공하게 하는 `근로자 파견‘과는 다르게 봐야 하고, 직원들이 자회사에서 받는 급여는 사실상 자회사 직원으로서 받는 급여에 해당한다”고 판단했다.
A법인이 △자회사에서 해당 직원들의 근로제공에 대한 대가를 직접 받지 않은 점 △직원들이 법인으로부터 업무지시와 보수를 받지 않는 점 △자회사가 급여는 물론 각종 보험과 퇴직금, 출ㆍ퇴근, 휴가 등 근태관리까지 직접 하고 있는 점도 감안됐다.
심판원은 "조세특례제한법상 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제는 해당 과세연도에 연구ㆍ인력개발에 직접 투입된 노무 대가로 주는 급여 등에만 적용하는 게 타당하므로, 퇴직금은 세액공제 대상이 되는 인건비 범위에 포함되지 않는다"고 덧붙였다.
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