올해 학교 운영비는 인천시교육청이 17억 5천만원, 인천시가 8억8천만 원, 연수구가 7억 원을 지원한다.
운영비 분담 지원의 근거가 된 '과학예술영재학교 설립·운영 공동 협약' 에 대해 입장차를 보여 왔던 시교육청과 연수구는 2018년과 2019년에도 비슷한 규모로 분담 지원하고, 2020년부터는 지원 방안을 재협의하기로 했다.
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