황 박사는 2004년과 2005년 사이언스지에 발표한 논문이 상당 부분 조작됐음에도 진실인 것처럼 속여 농협중앙회와 SK㈜로부터 10억원씩의 연구 지원금을 받아낸 혐의와 신산업전략연구소와 정부에서 받은 연구비 중 7억8400여만원을 횡령하거나 부당하게 챙긴 혐의로 기소됐다.
1심은 신산업전략연구원과 정부의 연구비를 빼돌린 것을 유죄로 인정해 황 박사에게 징역 2년에 집행유예 3년을 선고했으며 농협과 SK에서 연구비를 받은 것은 ‘논문조작과 지원 사이의 인과관계가 인정되지 않는다’며 무죄 판결했다.
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