병무청 지정병원 선정은 기본평가로 총 6개 항목인 의료기관의 종별, 병상 수, 기본 의료장비 보유 및 병원 정보화 구축정도, 진료과목별 상근전문의 충족률, 진단서발급 과정 및 조작방지대책 여부, 의무자 교통편의 등을 평가항목으로 해 총 60점 이상인 경우 선정한다.
또한 분기별 수시평가로는 병무행정의 협조/공헌도, 진단서 발급의 적정성, 특화된 진료 과 신설이나 사회봉사 등을 평가해 연말 기본평가와 수시평가 배점을 종합해 A에서 D등급으로 평가한다.
2년간 D등급 병원은 지정병원 선정을 취소한다.
현재 대구경북지방병무청 관할 병무청 지정병원은 대구지역 8개, 경북지역 15개로 총 23개이며 이중 20개 병원이 종합(대학)병원 급이다.
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