합동군사령부가 창설되면 지상군작전사령부와 공군작전사령부, 해군작전사령부, 특수전사령부, 해병대사령부 등 9개 작전사령부를 관할하게 된다. 현재 합참의장이 보유한 군령권도 합동군사령관에게 넘어가게 된다.
미군도 합참의장은 대통령과 국방장관을 보좌하는 역할을 하고 실질적인 작전권은 태평양사령관 등 각 지역의 통합군사령관이 보유하고 있다.
따라서 전작권 전환 이후 한·미 연합군을 지휘하는 '연합전구사령부'의 사령관도 합동군사령관이 맡게 된다.
이 방안이 최종 확정되면 세계 최강의 군대인 미군이 다른 나라 군대의 지휘를 받게 된다. 군 관계자들은 미군이 다른 나라 군의 지휘를 받는 형태의 구조는 사상 초유의 일이라고 평가했다.
육·해·공군과 해병대·특수전 연합구성군사령부 등 5개 기능사령부는 한·미 양국군의 능력과 여건을 고려, 한국군 또는 미군이 사령관을 맡기로 했다.
군의 한 소식통은 "공군사령부를 제외한 구성군사령부는 한국군이 사령관을 맡을 가능성이 높다"고 밝혔다.
연합전구사령관이 직접 지휘하는 연합구성군사령관은 작전계획에 명시된 한·미 부대의 작전을 통제하게 된다.
연합전구사령부의 참모진 규모는 현 연합사와 같은 수준으로 유지할 계획이기 때문에 결과적으로 현재의 한미연합사령부가 간판과 위치하는 곳만 달라지는 셈이 된다.
연합전구사령부는 한국군 합참 청사에 설치되며 한국군과 미군이 합참 청사에서 함께 근무하게 된다. 또 연합전구사령부 참모진의 한국군과 미군의 비율은 현재 1.5대 1(연합사 기준)에서 2대 1로 늘어나게 된다.
국방부의 한 관계자는 연합전구사령부 구성방안에 대해 "기존 2개의 분리된 사령부 운용 때 우려됐던 미군의 지원 역할에 대한 모호성과 피동성이 해소됐다"며 "한국군이 전작권을 행사하는 전작권 전환의 본질도 유지된다"고 설명했다.
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