병원계, 임상시험 부가가치세 추징에 반발

아주경제 조현미 기자 = 국내 병원들이 세무당국의 임상시험 부가가치세 추징에 반발하고 있다. 병원계는 국세청에 3개 대학병원에 추징한 부가가치세 철회를 요구하는 한편 부가가치세 면제 방침 유지를 요구했다.

7일 의료계에 따르면 최근 국세청은 서울성모병원·한림대성심병원·을지병원에 대해 임상시험 용역 부가가치세 추징에 나섰다. 추징액은 5년치(2008~2012년)에 해당하는 130억원에 달한다.

세무당국은 병원들이 임상시험으로 진료 외 수익을 올리는 만큼 이를 수익사업으로 보고 과세를 해야 한다는 입장이다.

반면 병원계는 부당한 처분이라고 반발하고 있다. 학술연구용역과 기술개발을 면세대상으로 규정한 부가가치세법 시행령 제42조 등에 근거해 부가가치세를 신고하지 않았다는 주장이다.

병원계의 반발은 국내·외 제약사의 임상시험 의뢰가 크게 늘면서 이를 통한 수익이 적지 않기 때문이다.

임상시험은 제약회사가 의약품을 개발·출시하는데 필수 사항이다. 제품의 안전성과 유효성 등을 확인하는 3단계의 임상시험을 마쳐야만 보건당국의 판매 허가를 받을 수 있다.

우리나라는 임상시험 신흥 강자다. 2000년부터 본격적으로 임상시험에 뛰어든 한국의 국가순위에서 현재 아시아 1위, 전세계 10위권이다. 2004년 136건이던 임상시험 용역은 2012년 670건으로 크게 증가했다. 지난해에는 607건으로 소폭 줄었지만 여전히 임상시험 강국이다.

병원들은 지금까지 부가가치세법 시행령을 근거로 제1~3상 임상시험의 부가가치세 납부를 하지 않았다. 시판후 임상인 제4상 임상시험(PMS)에 대해서만 일부 과세신고를 하고 세금을 납부해 왔을 뿐이다. 이 때문에 국내 병원들은 임상시험 용역 계약 때 부가가치세 면세를 기본으로 해 계약을 체결해 왔다.

병원계는 과세 추징이 현실화되면 병원 측이 부가가치세를 대납하고 위탁기관에서 나중에 해당 비용을 받아야 해 분쟁이 발생할 수 있다고 주장한다. 현재 병원계가 추산하고 있는 전체 추징금 규모는 900억원 수준이다.

또 계약 건수의 절반 가량이 외국계 제약사여서 국가간 분쟁 소지가 있고, 이는 국가 신뢰도에도 악영향을 미칠 수 있다고 우려했다.

중·대형병원 병원 경영자 모임인 대한병원협회는 모든 임상시험에 대한 부가가치세 면제 유지를 국세청과 기획재정부 등에 건의한 상태다.

병원협회 측은 “우리나라가 짧은 시간에 임상시험 선진국에 오른 것은 높은 의료수준과 정부의 과감하고 꾸준한 지원, 저렴한 연구비 때문”이라며 “임상시험 용역에 부가가치세를 부과한다면 가격 경쟁력이 떨어지게 될 것”이라고 주장했다.

이어 “의료산업화를 위해 불필요한 규제는 개선한다는 정부 정책과 배치된다”며 “이번 세무 조치는 반드시 시정돼야 한다”고 강조했다.