대책본부는 목포 서해지방해양경찰청에 설치되며 정홍원 국무총리가 본부장을 맡아 부처 간 역할 분담과 조정을 책임지고 지휘한다.
이를 위해 정 총리는 이날부터 현장(대책본부)에 상주할 예정이라고 총리실은 밝혔다.
부본부장은 이주영 해양수산부 장관과 강병규 안전행정부 장관이 맡고, 교육부ㆍ복지부ㆍ국방부ㆍ문체부 장관 등과 해양경찰청장, 소방방재청장, 해군참모총장, 전남지사는 위원으로 참여한다.
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