여야는 당초 26일 국조특위 첫 회의를 열고 여야가 내정한 특위위원장(새누리당 심재철 의원)과 여야 간사(새누리당 조원진·새정치연합 김현미 의원)를 공식 선출한 뒤 구체적 조사대상과 시기, 절차 등을 담은 국조계획서에 합의할 예정이었다.
이에 따라 27일 본회의에서의 국조계획서 처리가 예정대로 이뤄질 수 있을지 현재로서는 불투명하다.
만약 국조계획서 처리가 불발될 경우, 같은 날 예정된 국회의장단 및 상임위원장단 선출 등 후반기 원구성에도 일정 부분 영향을 미칠 것으로 보인다.
그러나 새정련은 국조계획서에 증인(참고인)을 먼저 명시할 것을 주장한 반면, 새누리당은 일단 특위에서 위원장과 간사 선출을 마친 뒤 국조계획서를 일단 의결하고 증인 문제는 추후 특위 운영과정에서 논의하자고 맞섰다.
새정련은 주요 증인(참고인)으로 이준석 세월호 선장과 유병언 일가를 비롯해 정홍원 국무총리, 김기춘 청와대 비서실장, 남재준 전 국정원장, 김장수 전 국가안보실장, 이정현 홍보수석, 박준우 정무수석, 민경욱 청와대 대변인, 국정원 상황실장, 유정복 전 안행부장관, 강병규 안행부장관, 이주영 해수부장관, 김석균 해경청장, 황교안 법무장관, 김관진 국방장관, 김진태 검찰총장, 이성한 경찰청장, KBS 길환영 사장 및 김시곤 전 보도국장, 안광한 MBC사장 등을 요구하는 것으로 전해졌다.
새누리당 김재원 원내수석부대표는 기자간담회에서 “특정인을 불러 증언을 들을지는 위원회에서 조사하고 결정하는 것이다. 국조계획서에 미리 증인을 포함할 수는 없다”면서 “야당의 주장은 부당하고, 국조를 정치행사로 끌고 가려는 것이 아닌지 걱정”이라고 비판했다.
여야는 국조 기간에 대해서도 이견이 큰 것으로 알려졌다.
새정련은 국조 기간을 27일부터 오는 7월 28일까지 약 두 달간 설정하고, 필요하면 활동기간을 연장하자고 주장하고 있다.
그러나 김재원 원내수석부대표는 “7월 28일까지 하자는 것은 7·30 재·보선에 맞춰서 하자는 것으로 이는 너무 하는 것”이라면서 “(철저한 진상규명과 대책마련을 위해서는) 적어도 상당기간 국조가 필요할 것”이라고 지적했다.
한편 새누리당은 당초 국조특위 위원이었던 김희정·박명재 의원을 각각 신의진·이종훈 의원으로 교체했다.
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