검찰은 사고 당일부터 특별 수사팀을 꾸려 △세월호 침몰 원인과 승객구호의무 위반 책임(검경 합수부) △선박안전관리·감독상 부실 책임(검경 합수부) △사고 후 구조 과정의 위법행위(광주지검 전담수사팀) △선주회사 실소유주 일가 비리(인천지검 특별수사팀) △해운업계 구조적 비리(인천지검 및 부산지검 특별수사팀) 등 크게 5개 분야를 중심으로 수사를 진행했다.
이에 따라 검찰은 현재까지 331명을 입건하고 139명을 구속했다. 세월호 사고와 직접적 책임이 있는 선장과 선원, 선주회사 임직원 및 실소유주 일가, 안전감독기관 관계자 등 모두 121명이 입건돼 이중 63명이 구속됐다. 세월호 실소유주인 유병언(73) 전 세모그룹 회장(청해진해운 회장) 일가 4명과 측근 9명도 구속 기소된 상태다. 인천지검 등 전국 검찰청은 한국해운조합, 한국선급 등의 유관기관과 항만 인허가, 선박 도입 등과 관련된 해운업계의 고질적 비리에 대한 수사에 나서 현재까지 210명을 입건하고 76명을 구속했다.
특히 세월호 참사의 장본인인 유병언씨를 검거하기 위해 검찰은 대대적인 수사인력으로 검거작업을 펼쳤지만 결국 유병언씨는 지난 22일 변사체로 발견됐다.
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