수질 검사는 전문 수질검사 기관에 의뢰 실시한 뒤, 교육청이 무작위로 학교를 선정해 2차 검사를 진행하는 방식으로 이뤄졌다.
검사 대상은 세종시 관내 49개 전체 학교 중 지하수를 사용하고 있는 4개 학교와 상수도 사용 정수기(냉온수기)를 연결, 음용수를 학생들에게 제공하고 있는 23개 학교(초 11, 중 6, 고 7)이다.
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