심층평가 대상으로는 △농·수협 등의 출자금·예탁금에 대한 과세특례(감면액 9100억원 추정 이하 동일) △창업중소기업 등에 대한 세액감면(1400억원 추정) △신성장동력 및 원천기술 연구개발비 세액공제(추정곤란) △연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제(1340억원 추정) △공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면(1250억원) △중소기업 고용증가 인원에 대한 사회보험료 세액공제(380억원) △도시철도 건설용역에 대한 부가가치세 영세율(2140억원) △일반택시 운송사업자에 대한 부가가치세 납부세액 경감(1630억원) △택시연료에 대한 개별소비세 등의 감면(570억원) △제주특별자치도 소재 골프장에 대한 개별소비세 면제(300억원) 등 10건이다.
앞으로 구체적인 성과평가 작업은 한국조세재정연구원(KIPF)과 한국개발연구원(KDI)이 수행할 계획이다.
기재부와 국세청 등 관계기관은 조세특례 성과평가 태스크포스(TF)를 구성해 기초 통계자료 수집 및 활용 등을 위한 관계기관 간 협업 강화와 평가 진행과정을 확인·점검할 계획이다.