기술료 징수주체와 사용처 등에 관한 내용을 담고 있는 현행 방위사업법 제52조에 따르면, 기술료를 징수할 수 있는 주체는 방위사업청장 외에는 존재하지 않고 있다.
그러나 방위사업청뿐만 아니라 국방과학연구소와 각 군도 국방과학기술을 보유하고 있어, 기술료 규정의 모법인 과학기술기본법에 따라 기술료를 징수할 권한이 있음에도 불구하고 방위사업법에 명시하지 않은 것은 입법미비라는 지적이 있어왔다.
또한 방위사업청이 징수한 기술료 수입은 국가재정법 제53조 예산총계주의 원칙의 예외에 해당하지 않아 전액 국고로 귀속됐다. 이에 국회 국방위원회는 방위사업청이 징수 기술료를 직접 사용하도록 한 방위사업법 제52조는 국가재정법과 충돌이 발생한다는 문제를 제기한 바 있었다.
백군기 의원은 "이번 개정안은 앞서 징수 기술료의 사용처에 수출용 방산물자의 개조·개발을 포함한 개정안을 발의하는 과정에서 발견한 문제였다”며 “입안과정에서 국방과학기술료 제도와 관련해 추가 개선사항들이 포착됐기 때문에,개정안을 몇 건 더 준비할 것”이라고 밝혔다.
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