일부에서는 이번 프라임 사업이 인문사회 기초 학문 분야를 위축시키고 단기적인 산업 수요를 반영하면서 장기적인 안목의 학문 수요를 과연 쫓아갈 수 있겠느냐는 지적도 하고 있다.
교육부는 프라임 사업에 대해 이공계 위주라는 비판에 대해 오해라며 분야를 가리지 않고 문화 컨텐츠 분야에 대해서도 지원하겠다고 밝혔었다.
사업 선정 결과를 놓고 보면 한류나 문화컨텐츠 등 우리나라의 소프트파워를 육성하는 것과는 거리가 멀다는 지적으로 시대의 변화를 과연 선도하는 사업이 될 수 있겠느냐는 우려가 제기되고 있다.
소형 사업의 경우에도 성신여대 융합보안공학, 서비스디자인공학, 바이오에너지, 이화여대는 바이오헬스, SW, 미래사회공학, 경북대는 글로벌SW융합, 대구한의대는 화장품, 제약공학, 한동대는 ICT융복합, 동명대는 조선해양시스템, 스마트모바일, 기계공학, 신라대는 지능형자동차, 융합기계, 건양대는 기업SW, 의약바이오, 재난안전, 상명대 천안캠퍼스는 시스템반도체, 지능형로봇, 태양광, 군산대는 해양, 운송, 융합기술창업,공간디자인, 동신대는 에너지신산업, 전기차, 호남대는 미래형자동차, 전기공학 등이다.
이번 사업에서도 대학재정지원사업 매뉴얼에 따라 부정비리 관련 감사나 형사판결이 진행 중일 경우 평가과정에서 감점이 이뤄졌다.
선정 대학 중 건국대는 이사장의 횡령혐의 재판으로 평가에서 감점이 이뤄졌는데도 선정됐다.
중앙대의 경우도 2~5%의 감점을 받아 탈락한 것으로 추정된다.
일부 대학에서는 사업 신청 당시부터 계획안이 제대로 공개되지 않은 가운데 합의가 없었다는 학내 반발이 나와 사업 선정 이후에도 구조조정 과정에서 단과대학이나 과가 없어지거나 통폐합되는 경우 학생이나 교수들의 반발이 거셀 것으로 예상된다.
탈락한 학교의 경우에도 대학이 어렵게 합의한 구조조정 계획을 추진하려 할 경우 학내 갈등이 일 전망이다.
중앙대의 경우 사업에 탈락할 경우 교수협의회는 구조조정 계획을 추진하지 않기로 했다고 밝히고 있으나 과연 학교가 어렵게 마련한 구조조정안을 포기할지 주목된다.
교육부가 구조조정을 막대한 규모의 예산으로 지원하는 프라임 사업이 선정됐지만 앞으로 각 대학들이 학문 융합과 미래 인재 양성이라는 목표를 추진하면서 학내 갈등을 제대로 해결할 수 있을지 주목된다.
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