이 논란은 모집 공고에 부합하는 다수의 전공자와 경력자를 배제하고 경력이 많지 않은 유사 전공자를 최종 합격시킨 점과 둘째 최종 합격한 연구원이 졸업한 대학의 전공학과 선배와 교수가 심사위원으로 제척 또는 기피 등의 조치없이 참여한 점, 전공학과 선배로부터 높은 점수를 받고 '연구분야 적합성'에서 5명의 심사위원에게 모집분야와 전공이 일치하지 않음에도 전공자도 받지 못한 만점을 받은 점 등이다.
따라서, 대전참여자치시민연대와 세종참여자치시민연대는 최근 공동 성명을 내고 연구원 채용 특혜의혹과 관련, 명백하한 진실규명을 촉구했다.
연구원 채용과 관련한 논란 이후 두 번씩이나 의혹이 제기된 것은 대전·세종연구기관이 씽크탱크로 안착하는데 아무런 도움이 되지 않는 이유에서다.
양참여연대는 "불거진 특혜 의혹에 대해 대시민 입장을 발표하고, 심사와 관련된 모든 자료를 공개해 한 점의 의혹도 남기지 않기 위해 노력해야 한다"며 "대전시와 세종시는 연구원의 자체적인 규명 노력이 미흡하다면 채용 의혹에 대해 특별감사 등을 실시해 산하 기관에 대한 관리감독 권한을 행사해야 한다"고 전했다.
이어 "시민들의 혈세로 운영되는 대전·세종연구원의 채용 심사 과정은 엄정하고 투명해야 한다"며 "연구원 등의 채용이 공정하게 운영될 수 있도록 관련 규정을 검토하고 개선해야 할 것"이라고 부연했다.
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