산업부는 이날 입장을 내고 "감사원 결과, 월성1호기 조기 폐쇄 결정에 문제가 있다고 확인되지 않았다"며 "월성 1호기 조기폐쇄에 대한 향후 정책 추진에 영향을 미치지 않을 것"이라며 이같이 말했다.
경제성을 불합리하게 낮췄다는 감사원의 지적에 산업부는 "회계법인과 한수원 요청으로 경제성 분석 과정에 참여한 것이며, 원전 정책 방향에 대해 의견 제시를 했을 뿐, 구체적으로 특정 변수를 바꾸라 부적정하게 지시한 사실이 없다"고 주장했다. 정책 추진과정에서 정부·관련 기관 간 소통과 협의는 필요한 과정이며 이런 과정을 거치지 않는다면 정부가 소관 감독기관으로서 역할을 다하지 못하는 것이라는 주장도 덧붙였다.
아울러 "즉시 가동중단에 대한 당시 산업부의 정책적 판단은 국정과제의 취지, 조기폐쇄 정책 수립 배경 등을 고려할 때 현시점에서 보더라도 타당한 정책적 판단"이라고 강조했다.
산업부는 이번 감사에서 국정과제 추진을 위해 적극적으로 행정을 한 직원들에 대해 적극행정 면책 신청이 받아들여지지 않은 점에 대해서도 유감을 표명했다. 다만 "이유 여하를 막론하고 피조사자가 자신의 판단에 따라 본인 PC에서 자료를 삭제한 것은 유감스럽게 생각한다"라고 언급했다. 또한, 피조사자는 조사과정에서 휴대전화 제출 등 자료요구에 대한 적극적으로 협조했으며, 여러 차례 문답 출석 등 최대한 감사에 협조하기 위해 노력했다고 강조했다.
산업부는 세부 쟁점 사항에 대해 추가 검토를 거쳐 감사 재심청구 여부 등에 대한 입장을 밝힐 예정이다.
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