권익위 "법인세 부과 취소 시 지급명세서 미제출 가산세도 취소"

정부세종청사 국민권익위원회 [사진=권익위]

#. A업체는 B업체(외국법인)로부터 C업체(B업체의 지분 100% 자회사)의 발행주식 전부를 양수하고, 한-덴마크 조세조약에 따라 B업체가 얻은 양도차익에 대한 비과세를 세무서에 신청한 후 C업체를 흡수합병했다. 이후 지방국세청은 A업체를 세무조사한 결과 B업체와의 주식 양수·양도거래가 합병에 앞선 형식적 우회거래라고 판단했다. 국세청은 A업체가 B업체에 지급한 주식 양도차익은 사실상 합병 대가로서 의제배당소득에 해당한다며, A업체에 원천징수법인세와 지급명세서 미제출 가산세를 각각 부과했다. 이에 A업체는 법원에 원천징수법인세 취소소송을 제기해 사실상 승소한 후 부과제척기간이 경과한 지급명세서 미제출 가산세를 취소해 달라는 고충민원을 국민권익위원회에 신청했다.

사업자에 대한 원천징수법인세 부과 처분이 행정소송에서 취소됐다면 지급명세서 제출 의무도 없으므로 미제출 가산세 부과 처분을 취소해야 한다는 결정이 나왔다. 

권익위는 과세 근거가 된 법인세 부과 처분이 법원에서 취소됐으나 부과제척기간이 지났다며 사업자에게 부과한 지급명세서 미제출 가산세를 취소할 것을 과세관청에 시정권고했다고 4일 밝혔다.

현행 세법상 국내 원천소득을 외국법인에 지급하는 자는 지급명세서를 세무서장에게 제출해야 하나, 비과세 대상 소득을 지급하는 경우에는 제출하지 않아도 된다. 또 부과제척기간은 국세를 부과할 수 있는 기간으로 일반적으로 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년이다.

권익위는 △원천징수법인세가 행정소송에서 사실상 취소돼 결과적으로 과세관청이 지급명세서 제출 의무가 없는 A업체에 지급명세서 미제출 가산세를 부과한 점 △부과제척기간의 취지는 과세처분의 장기간 방치를 방지해 국민의 권리를 보호하기 위한 것으로 행정의 직권취소를 배제하는 규정이 아닌 점 △부과제척기간 경과의 귀책사유가 과세관청에도 있는 점 등을 종합적으로 고려해 지급명세서 미제출 가산세를 취소할 것을 시정권고했다.

안준호 권익위 고충처리국장은 "과세관청은 조세회피를 위한 형식적 우회거래에 대해 엄정하게 과세해야 하나 사실관계 판단 차이로 과세하는 사례가 발생하고 있다"며 "권익위는 앞으로도 사업자가 억울하게 세금을 부과받는 일이 없도록 납세자의 권익 보호를 위해 최선을 다하겠다"고 말했다.